可以說，大處方大檢查現象的產生，主要還是和原來公立醫院運營受利益驅動的機制有關。新醫改方案明確提出，要堅持公共醫療衛生的公益性質，落實公立醫院政府補助政策，從而遏制過度醫療行為，降低群眾看病負擔。

在新醫改方案中，對未來公立醫院的發展方向有著明確的表述，集中到一點，就是公益性。然而，對于已經習慣了“營利”模式的醫院來說，如何重新回歸“公益”，如何在降低收費、確保公益的同時，兼顧醫院自身的發展、并充分保障醫務人員的價值體現，并不是一件容易的事。

新醫改方案提出取消藥品加成，醫院減少的收入或形成的虧損將通過增設藥事服務費、調整部分技術服務收費和增加政府投入等途徑解決。鼓勵各地積極探索政事分開、管辦分開的有效形式。